La micro-filtration permet d'obtenir une teneur en protéine bien plus élevée qu'avec le filtrage simple (qui aboutit à la whey concentrée).
Ce procédé de micro-filtration est aussi appelé CFM pour Cross Flow Micro filtration. Il englobe un ensemble de procédés visant à filtrer la whey à partir de filtres en céramique. Ce filtrage se fait ici sans utilisation de solvant et à basse température. C'est donc un procédé entièrement naturel qui n'utilise aucun composant chimique.

Voir l'Instant whey de Reflex
La whey isolat par micro filtration présente donc un avantage énorme par rapport à la whey par échange d'ion : toutes les fractions composants la whey protéine sont conservées, les acides aminés ne sont pas dégradés.
Le procédé CFM en fait la whey protéine de la meilleure qualité possible :
- Pas de dégradation des protéines ;
- Très bon aminogramme ;
- Pas d'utilisation de produits chimiques ;
- Procédé entièrement naturel.
Cette très bonne whey protéine souffre par contre d'un handicap de taille : la whey CFM coûte parfois jusqu'à 2 fois plus cher que la whey concentrée.
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