Comme pour les protéines de lait en poudre, il existe plusieurs type de protéines de soja, qui différent en fonction de leur procédé de fabrication : les isolats et les concentrés.
Le concentré est la première protéine en poudre de soja à avoir été fabriquée. C'est la protéine en poudre de soja « historique ».

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Elle est obtenue par filtration simple de la farine de fèves de soja, et produit une protéine en poudre d'une concentration de 65 à 75% de protéines. Le reste est composé de lipides et de glucides.
Cette concentration relativement faible, laisse une large part aux éléments naturellement présents dans la fève de soja, ce qui fait que le concentré de protéines de soja est parfois fort en goût, avec un parfum pas toujours agréable.
Depuis quelques années, les méthodes de fabrication ont évolué, et une nouvelle sorte de protéine de soja a vu le jour : l'isolat de soja.
Cette protéine est elle aussi produite à partir de la farine de fève de soja, mais par un procédé de filtrage plus complexe, qui filtre mieux les lipides et glucides, tout en conservant une plus grande quantité de vitamines, isoflavones et autres nutriments essentiels, qui sont en général détruits dans le concentré.
La fabrication des isolats de protéines de soja est réalisé par un procédé plus complexe, mais aussi plus naturel. Les éléments constituants le soja sont préservés avec ce mode de fabrication. A l'inverse, la fabrication du concentré est plus agressive et détruit une grande partie des nutriments essentiels.
La quantité de protéines dans l'isolat de soja est de 90%. C'est donc une poudre de protéine très pure, contenant très peu de glucides et de lipides, avec aussi très peu de goût.
Dernier point à mettre au crédit des isolats de protéines de soja : ils sont souvent enrichis en méthionine, un acide aminé qui est peu présent dans le soja. Grâce à cet ajout, l'isolat de soja est bien mieux assimilé et devient ainsi plus efficace.
Attention, car l'isolat est plus cher à produire, et pour faire baisser le coût des suppléments, les fabricants mélangent souvent les deux protéines de soja (isolat et concentré), pour diminuer le prix du produit.
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